La Reserva de Vida Silvestre Rios Blanco y Negro forma parte de dos formaciones geológicas bien definidas: el Escudo Cristalino Chiquitano, que abarca el territorio desde el Río San Martín hasta el Río Blanco, y la Llanura Aluvial Chaco-beniana en el sector comprendido entre los ríos Blanco y Negro.
La reserva se encuentra dentro de la gran cuenca amazónica y las subcuencas de los ríos San Martín, Negro y San Pablo cuyas aguas van a engrosar al Norte el cauce del Río Iténez o Guaporé.
Existen varias lagunas En los límites occidentales del Escudo Precámbrico, existen varias hermosas lagunas, muy pobladas de vegetación acuática, como Taborga, Pajaral, Taborguita, Carachupa, El Largo y otras, con abundancia de peces y un prolífico desarrollo de la vida acuática. Las temperaturas son variables, dependiendo de la estación y los vientos, pero la media se puede establecer entre los 22 a 25 grados.