Según los estudios para el Plan de Manejo elaborado por la Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN), en la Reserva de Vida Silvestre Ríos Blanco y Negro se han identificado 65 especies de mamíferos y 37 especies de murciélagos.
Mediante los distintos relevamientos, se evidenció que en la Reserva existe una de las poblaciones de londras en mejor estado de conservación a nivel nacional. También se han identificado 143 especies de peces, tanto para el consumo humano como ornamentales.
En el campo herpetológico se identificaron más de 50 especies entre anfibios y reptiles. A través de este componente se realizaron muestras de poblaciones de saurios en los Ríos Negro, Blanco, San Pablo y Negro de Caimanes y Laguna Pajaral. Se observó con estos censos que la pirámide poblacional del caimán negro está afectada por la intensa cacería sufrida en años anteriores, registrándose individuos de corta edad.
En el campo ornitológico se ha identificado más de 400 aves, de las cuales alrededor de 15 están amenazadas, ya que su distribución es restringida. El área de Río Negro, principalmente al Sur, se presenta como una de las zonas de más alta diversidad, principalmente por ser un ecotono entre avifaunas de Rondonia y del Sudeste del Perú.
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